Problem med sega hhd

Jag har fått ett jobbigt problem efter att jag instalerade om windows i vanlig ordning.
Mina diskar är ordnade såhär:
36gig (e) System disk
80 lagring (c), troligen här problemet ligger.
10gig (d) lagring helt vanlig
250gig extern lagring.

Varje gång jag högerklickar på en mapp vilken som helst och för muspekaren över några av alternativen "laggar" datorn i ca 5-10 sekunder innan den gör igång igen. Det spelar ingen roll vilken disk eller vad det är för mapp.

Mina misstankar är att windows lagt vissa viktiga filer i C istället för e som de ska ligga i. När jag kollar i C (lagringen) finns där förutom mina mappar:
AUTOEXEC.bat
boot.ini
Config.SYS
IO.SYS
MSDOS.SYS
NTDETECT.COM
ntldr

Känns som de inte borde ligga där...
Behövs det en ominstalation där jag gör det rätt eller vad kan behövas?

Okej, är det komplicerat att kolla sådant?

Okej ska göra det tack för den snabba hjälpen, blir det mer problem återkommer jag.