KC3000 har som sagt en PCIe 4.0 kontrolleri som pratar via 4 PCIe-kanaler. Om du installerar den i en x1 plats så kommer det att fungera, men du har bara 1/4 av den teoretiska prestandan. Du har dessutom redan halverat den i och med nedväxlingen till 3.0.
Så, 4.0 x4 -> 3.0 x1 = 1/8, sen vad det betyder i verkligheten är ju subjektivt och beroende på användningsområde.
Om du har den andra x16 (x4) kontakten ledig så kan du nyttja den, men då du nyttjar alla tre M.2 portarna så infaller denna begränsning som nämns i specifikationerna för ditt moderkort. Du får alltså bara ut x2 från den andra x16 kontakten, och din tredje M.2 kommer att växla ned från x4 till x2.