Fast undrar om det spelar roll egentligen, du har ju testat att typ "skriva" till en disk, på två olika interface (pci+sata)
Ett steg till kanske är att flytta din SATA-ssd mellan moderkortets olika sata-portar. Det finns väl portar som går direkt till CPU, och portar som går via chipset? Typ port 0 och 1 går direkt till CPU eller något sånt där.
edit: enligt din Manual (sida 17) så verkar alla Sataportar gå via samma ställe, så det kanske inte var någon idé att flytta sata-sladden runt på moderkortet.