Påverkar antal M.2 SSD grafikprestandan?

Första PCIe x16 slotten har i regel sina banor direkt till processorn. Det är först när man nyttjar eventuella andra x16 uttag som antalet banor begränsas. Övriga x1 uttag samt eventuellt tredje x16 går alla via chipset. Likaså så har den första M.2 sina x4 banor direkt till processorn, medans den andra går via chipset som är kopplad via x4 4.0 till processorn och får samsas med vad som nyttjas där (USB,SATA,Nätverk)?
Vad som också är relevant är PCIe revisionen på den andra SSDn, dvs hur mycket bandbredd den kan tänkas nyttja av dessa x4 4.0 kopplade chipset-banor.

Exakt vilket moderkort är det du har? Manualen bör berätta mer om hur det är upplagt samt att man kanske får leta lite B650-information.
Kika i manualen, berätta vad du har exakt, och berätta hur du tolkar det. Sedan resonerar vi oss vidare.

Visualisering av hur B650 är kopplad: Bilden med de blå rutorna
(Där finns också motsvarande bild för B650E modellen.)

Förtydligande: Moderkorten kan dela x16 som 16, 8/8, 8/4/4, eller via chipset (+effektivt) 16+4, 8/8+4. Detta är banor, man bör även räkna bandbredd beroende på PCIe version på ingående komponenter.

Någon speciell anledning till att du överväger mATX-bygge? Om du väljer det så får du "bara" 2st M2-slots vs 3st på ATX-kortet så vill du expandera i framtiden så kanske du i första hand måste byte ut en enhet vilket kanske är lite begränsande.

Men inget av korten har vad jag kan se någon begränsning i hastigheten på PCI-lanes om du maxar M2-platserna.
2/3 eller 2/2 av M2-platserna (beroende på modell) är direkt kopplade via CPUns PCI-lanes.

Den översta (M2_1) är dessutom PCIe 5.0-kompatibel på båda modellerna.

Detta stämmer för både Intel och AMD några generationer bakåt, men Ryzen 7000-serien har utökat med 4 PCIe-banor till. Så de flesta moderkort till 7000-serien har två M.2-portar kopplade direkt till processorn med helt egna PCIe-banor.