Varningarna bör inte vara något att oroa sig över då de som sagt "bara" är varningar.
100mb partitionen är för windows filer skapas när du installerar windows.
Till problemet med disken, spinner den upp överhuvudtaget när du startar datorn? sitter alla kablarna som dom ska? Dyker den upp om du bootar på linux (Live cd är lättast)