partitioneringshjälp

nu är det dags för omformatering igen, och jag tror jag behöver lite hjälp.
har två interna diskar och en extern, nu är frågan hur jag skall ställa in all cache/pagefile/swap.
först tänkte jag låta windows jobba från hd1 mot hd2, och programmen ligga på hd2 och arbeta mot hd1, kom dock på att de då kommer gå i kors och att ha programmen jobbandes mot systemdisken kanske inte är ett så smart drag.
mitt andra alternativ är att låta system och program ligga på hd1 och låta båda jobba mot hd2 i antingen varsin partition eller gemensam.
vad kommer ge bäst prestanda?

om ni har något annat tips så är jag öppen för förslag.

föresten var skall arbetsfiler/dokument som programmen hellst ligga. antingen på hd1 eller hd2, har det någon skillnad var arbetsfilerna för programmen ligger?

de som står i sing, en wd160, en wd200, båda ide, sedan en mybook250