Här följer hur jag skulle resonerat (då mina kunskaper om några av protokollen är bristfälliga kan även mitt resonemang kring dessa ha brister, men det är likväl hur jag skulle resonerat).
Grundprincipen är att jag bara skulle aktiverat funktioner jag använder.
SMB - Windows standardprotokoll för åtkomst till delade filer. Gör det bl.a. enkelt att mappa enhetsbokstäver på Windowsdatorerna till kataloger på NASen. Jag skulle slå på det.
AFP - Appleprotokoll. Vet inte om det är nödvändigt för Time Machine. Om det är det så skall du självklart aktivera det.
NFS - Ett alternativ till SMB. Förknippas ofta med Linux, men fungerar väl med andra OS. Dock så hanterar Linux SMB väl, så jag skulle lämna detta avaktiverat.
FTP - Känns som ett omodernt protokoll. För att komma åt filer på det lokala nätverket är, i mitt tycke, SMB, AFP och/eller NFS att föredra. Vill man nå filer över Internet kan man lika väl använda NASens webbgränssnitt (HTTPS). Jag skulle avaktivera FTP.
HTTP - Kom åt filer över det lokala nätverket via ett webbgränssnitt. Då det, iaf enligt mig, är bekvämare att hantera filerna på samma sätt som lokala filer så anser jag detta vara onödigt.
HTTPS - Kom åt filer över Internet via ett webbgränssnitt. Behövs denna funktion skulle jag föredra detta alternativ över FTP, annars avstängt.
ReadyDLNA - Kom åt mediefiler från DLNA-kompatibla enheter såsom TV, datorer (ex din HTPC), Xbox360 etc. En funktion jag personligen gillar skarpt. Slå på den om du har mediefiler på din NAS.
Rsync - Protokoll för synkronisering av filer/mappar. Användbart för automatiserad backup. Huruvida du skall använda detta beror på hur din backuplösning ser ut.
UPnP - Ett sätt för nätverksenheter att utbyta information så att de kan konfigureras automatiskt. Om jag inte minns fel så utnyttjar DLNA UPnP, så det bör vara påslaget.
SNMP - Ett protokoll jag egentligen vet för lite om för att ha en bestämd åsikt. Tror det rör sig om centraliserad styrning av nätverksenheter, är dock osäker. Själv skulle jag slagit av det och sett om det lett till problem. Om problemen uteblev skulle jag lämnat det av.
Eventuella felaktigheter, korkade uttalanden, tankevurpor och liknande beror naturligtvis på att klockan snart är två på natten.