Jag tror faktiskt att sådana här saker kan ske om det inte finns någon user som har tillräckliga rättigheter till filen, och inte heller har rättigheter att ändra rättigheterna så att säga. Då kan det skita till sig rejält, iom att man inte längre kan ändra behörigheter.
Testa att boota via något annat operativ inlagd på ett usb-minne, t.ex. Ubuntu eller ännu hellre någon smidig rescue disk, tex. Kaspersky Rescue disk 10 . Bara att ladda ner en iso och en liten programfil som skapar ett bootbart USB-minne. Sen kan du ta bort filer via detta. Så gjorde jag efter en rest från en felaktig windowsinstallation som inte ville försvinna.
Sen är det ju en bra grej att ha också, när olyckan är framme med virus osv. Därav rekommendation att skapa en rescue disk snarare än någon annan Linux/Ubuntu-disk.