Jag har också båda modellerna.
Hastighetsmässigt kan jag inte påstå att 3GS:en lider av sin mindre minnesstorlek enligt min erfarenhet. Vad som händer är dock att program som ligger och tar upp minne i bakgrunden oftare stängs ner av OS:et på 3GS:en än på 4:an. Möjligtvis skulle det vara när man läser PDF:er som 3:an kan kännas slöare. Den upplevda hastighetsskillnaden är dock oftast rätt liten skulle jag säga, eftersom 4:an har en mycket högre upplöst skärm att driva.
Så den stora skillnaden är just skärmen (som i mina ögon är helt suverän, älskar den höga upplösningen) samt att jag upplever batteritiden klart bättre på 4:an. Sen skadar det inte att 4:an, i mina ögon, har den absolut läckraste designen någonsin på en telefon, tror t o m 5:an blir ett steg tillbaka om ryktena gällande designen stämmer
Med det sagt så skulle jag ändå råda dig till att vänta på 5:an (eller vad den nu kommer heta). Allt tyder på att 5:an kommer få samma processor som iPad 2 vilket betyder att den kommer vara klart kraftfullare än 4:an. Det kommer kännas trist att sitta med en nyköpt 3GS eller 4:a när spel optimerade för 5:an börjar dyka upp. Men visst, bryr man sig inte om spel kanske inte den extra kraften har så stor betydelse.